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A volere l’opera fu il nobile Francesco Badoero. Era il 1554. Il Badoer era un personaggio di spicco modesto, privo di rilevanza pubblica ma discendente di un'illustre famiglia della Serenissima. A seguito del sodalizio con la famiglia Loredan e del successivo matrimonio con Lucetta, aveva ricevuto in eredità l'ampio fondo della Vespara nei pressi della Fratta. Come era diventata consuetudine per l'aristocrazia veneziana dopo la Lega di Cambrai, anche il Badoer rivolse particolare attenzione all'entroterra  e per favorire i propri investimenti sentì la necessità di creare un presidio dal quale amministrare la proprietà, tale, però, da manifestare al tempo stesso il prestigio economico raggiunto. Dopo la bonifica della Vespara e l’acquisizione di altri fondi in località Bragola, pensò di commissionare al più noto degli architetti contemporanei la costruzione della sua villa.
Tra il 1556 ed il 1563 Andrea Palladio costruì una delle più armoniose per proporzioni e forma tra le sue opere. E’ lo stesso architetto vicentino a descriverla in uno dei suoi “4 libri dell'architettura". 
"Fa basa a tutta la fabrica un piedestilo alto cinque piedi: a questa altezza è il pavimento delle stanze: le quali tutte sono in solaro, e sono state ornate di Grottesche di bellissima inventione dal Giallo Fiorentino. Di sopra hanno il granaro, e di sotto la cucina, le cantine, e altri luoghi alla commodità pertinenti: Le colonne delle Loggie della casa del padrone sono Ioniche: La Cornice come corona circonda tutta la casa. Il frontespicio sopra loggie fa una bellissima vista: perché rende la parte di mezo più eminente dei fianchi. Discendendo poi al piano si ritrovano luoghi da Fattore, Gastaldo, stalle, e altri alla Villa convenevoli".